現在から4000年をさかのぼるはるかな昔、世界は邪悪な闇の種族ディザイアンが起こした古代戦争のさなかにあった。勇者ミトスは聖地カーラーンで女神マーテルと契約を結び、ディザイアンを封印し戦争を終結させ、世界を救った。
時は流れ、封印されたはずのディザイアンが再び現れ、シルヴァラントに恐怖をもたらす。ディザイアンは人間を支配し、拉致した人間を収容する「人間牧場」と呼ばれる生体実験施設を各地に造営するなど、おぞましい所業を繰り広げていた。ディザイアンの支配と世界の衰亡に喘ぐ人々は、「神子」の登場を心待ちにしていた。
物語の舞台は、伝説と共にあるマーテル教会聖堂に近い集落、神託の村イセリアから始まる。ある日、学校でロイドは幼馴染の少女コレットに神託が降りたことを知った。コレットは、マナの搾取により衰退しつつあるシルヴァラントを救うため、神子として世界再生の旅を始めることになる。